Bibliotekarforbundets øverste myndighed er generalforsamlingen, der finder sted hvert andet år. Den daglige ledelse varetages af hovedbestyrelsen, bistået af BF's sekretariat.
BF's interesser varetages lokalt af tillidsrepræsentanterne, der er ansvarlige for forhandlinger om løn- og ansættelsesforhold på arbejdspladsen. BF vedtog en ny forhandlingsorganisation, da strukturreformen trådte i kraft den 1. januar 2007.
Derudover består Bibliotekarforbundet af 2 ansættelsesgrupper: en for statsansatte og en for privatansatte samt i øjeblikket 13 faggrupper.